Dal portone, un androne con volta a botte conduce in un ampio cortile a doppio porticato, nel quale arcate a tutto sesto poggiano su 20 colonne, doriche al piano terra e ioniche al piano nobile. Lungo il porticato si aprono i portali monumentali di Clemente VIII e Alessandro VII, sormontati dai loro stemmi che immettono rispettivamente alla chiesa e alle Corsie, e le porte della Spezieria e dell’Accademia Lancisiana. Sull’arcata al centro del lato sud campeggia uno stemma marmoreo nel quale accanto alla croce a due bracci è posta una torre, insegna del Commendatore Bernardino Cirillo, al quale si deve la costruzione del Palazzo.