Otra actividad que dio prestigio al hospital fue la creación de una prestigiosa escuela de música en su interior, basada en una antigua tradición ya mencionada en el Liber Regulae Sancti Spiritus. Músicos de gran renombre, como Pasquini, Frescobaldi y Zoilo, impartieron clases de canto, clavecín, órgano y flauta, guiando a los jóvenes alumnos hacia carreras musicales. Además, la música se consideraba un valioso apoyo en la atención a los pacientes. Un órgano, situado entre las dos salas del hospital, proporcionaba alivio a los enfermos durante sus largas estancias, y se creía que el sonido de la flauta durante la lactancia favorecía el flujo de la leche.