La Bibliothèque de l’Académie Lancisiana occupe trois salles de l’Académie. La deuxième salle correspond au bureau du Président. La grande étagère en bois fut commandée par le député Pietro Pericoli en 1882.
L’ancienne étagère est ornée, sur sa partie supérieure, de bustes en terre cuite représentant dix des plus célèbres chirurgiens et anatomistes du passé : Hippocrate, Galien, Valsalva, Morgagni, Fallope, Cesalpino, Fabrice d’Acquapendente, Malpighi, Vésale et Aselli. En haut, on peut voir une partie de la collection de céramiques pharmaceutiques du XIXe siècle, provenant de l’ancienne Pharmacie de l’Hôpital du Saint-Esprit.
Le fonds de la bibliothèque comprend environ 13 500 volumes, principalement consacrés à la médecine et aux sciences, ainsi qu’un petit nombre d’ouvrages littéraires, philosophiques, religieux et juridiques (XVIe–XXe siècles). Ce patrimoine est divisé en deux fonds principaux : le fonds de la Consolation et le fonds Lancisien. La plus grande partie provient de l’Hôpital de Sainte-Marie de la Consolation, qui a fermé à la fin des années 1930. La partie la plus modeste vient de la collection personnelle de Lancisi, autrefois conservée à la Bibliothèque Lancisiana. Au-dessus de la porte de la salle de lecture se trouve un portrait du pape Paul V donnant sa bénédiction, œuvre d’un artiste inconnu du XVIe siècle.