La Biblioteca de la Academia Lancisiana ocupa tres salas dentro de la Academia. La segunda sala coincide con la Presidencia. La gran estantería de madera fue encargada por el diputado Pietro Pericoli en 1882.
La antigua estantería está decorada en la parte superior con bustos de terracota de diez de los más célebres cirujanos y anatomistas del pasado: Hipócrates, Galeno, Valsalva, Morgagni, Falopio, Cesalpino, Fabricio de Acquapendente, Malpighi, Vesalio y Aselli. En lo alto, se expone parte de una colección de cerámicas farmacéuticas del siglo XIX, procedentes de la antigua Farmacia del Hospital Santo Spirito. El fondo bibliográfico de la biblioteca consta de unos 13.500 volúmenes, dedicados sobre todo a temas médicos y científicos, además de un número limitado de obras literarias, filosóficas, religiosas y jurídicas (siglos XVI–XX). El fondo está compuesto por dos colecciones principales: la colección de la Consolación y la colección Lancisiana. La parte más numerosa procede del Hospital de Santa María de la Consolación, que cerró a finales de los años treinta del siglo XX. La parte más pequeña procede de la colección personal de Lancisi, que antiguamente estaba en la Biblioteca Lancisiana. Encima de la puerta de la sala de lectura hay un retrato del papa Pablo V impartiendo su bendición, obra de un artista desconocido del siglo XVI.



