Le Corsie sono formate da due ali, divise da un tiburio. Ampie finestre furono disposte regolarmente alla sommità delle pareti lungo tutto il perimetro delle sale, per illuminare e areare il vasto ambiente senza recare danno ai degenti che riposavano in letti a baldacchino. Il soffitto a cassettoni è decorato da fregi intercalati dallo stemma dell’Ospedale, la croce a doppio braccio, riprodotti, durante i restauri dell’800, su modello di quelli originari. Le Corsie Sistine sono formate da due grandi ali, separate da una struttura centrale chiamata tiburio. Per illuminare e far circolare l’aria in queste grandi sale, furono costruite finestre molto alte, poste in alto lungo tutte le pareti. In questo modo la luce entrava senza disturbare i malati, che riposavano in letti a baldacchino, cioè letti coperti da un telo. Il soffitto è a cassettoni (a forma di quadrati o rettangoli incassati) e decorato con fregi e con il simbolo dell’Ospedale, la croce a doppio braccio. Durante i restauri dell’Ottocento, queste decorazioni furono rifatte copiando gli originali.

Gli affreschi, 46 riquadri principali e 23 minori, eseguiti da pittori anonimi, di scuole umbro-laziali- marchigiane, alla fine del XV secolo, si estendono per circa 1200 metri e si elevano a circa 8 metri dal pavimento, seguendo tutto il perimetro delle Corsie. Le scene, scandite da finte lesene decorate con candelabre, raffigurano gli episodi più salienti della vita e dell’opera dei due papi fondatori, Innocenzo III e Sisto IV. Alla base di ogni riquadro, sono poste le didascalie in latino di Bartolomeo Sacchi, il Platina. Il Commendatore Teseo Aldrovandi, nel XVI secolo, fece tappezzare pareti dei due bracci con preziosi cuoi arabescati, oggi scomparsi. Lungo tutte le pareti delle Corsie Sistine, a circa 8 metri di altezza, si trovano dei grandi affreschi realizzati alla fine del Quattrocento. Ci sono 46 riquadri principali e 23 più piccoli, per un totale di circa 1200 metri di pittura! Le opere furono fatte da pittori anonimi (cioè senza firma), provenienti dall’Umbria, dal Lazio e dalle Marche. Le scene raccontano la vita e le opere di due papi importanti per l’Ospedale: Innocenzo III e Sisto IV. Le immagini sono separate da finte colonne chiamate lesene, decorate con candelabre (motivi ornamentali a forma di candelabro). Sotto ogni riquadro si può leggere una scritta in latino, chiamata didascalia, scritta da Bartolomeo Sacchi, detto il Platina, uno studioso del tempo. Nel Cinquecento, il commendatore Teseo Aldrovandi fece rivestire le pareti con cuoio decorato, ma oggi quei rivestimenti sono andati perduti.

La leggenda sulla fondazione dell’Ospedale, avvenuta alla fine del XII secolo, narra di un sogno spaventoso di papa Innocenzo III: nell’aera del Vaticano alcuni pescatori rinvengono nelle acque del Tevere molti corpicini senza vita di neonati, gettati nel fiume dalle loro stesse madri. Riverenti i pescatori li mostrano al papa che commosso e inorridito allontana la visione raccapricciante. Il quadro di autore incerto, posizionato al centro della parete, che copre in parte l’originaria scena della pesca macabra, fu  aggiunto nel  ‘700, per attenuare l’orrore che la visone poteva procurare nei degenti. Secondo una leggenda molto antica, la nascita dell’Ospedale di Santo Spirito avvenne alla fine del 1100, dopo un sogno terribile fatto da Papa Innocenzo III. Nel sogno, alcuni pescatori del Tevere trovavano in acqua molti neonati senza vita, abbandonati dalle loro madri. I pescatori, spaventati ma rispettosi, portarono quei corpi al papa. Innocenzo III, molto colpito e addolorato da questa visione, decise di fondare un ospedale per aiutare i più deboli, in particolare i bambini abbandonati. Nella Corsia Sistina si trova un quadro che racconta questa leggenda. Il dipinto fu aggiunto nel Settecento, proprio per coprire una scena più drammatica e non turbare i malati che riposavano lì.

La realtà dell’epoca purtroppo confermava questa turpe consuetudine, il papa decise quindi di costruire un edificio, nel quale accogliere bambini abbandonati, poveri, donne sole e prestare cure mediche gratuite per tutti. Un angelo indica in sogno al papa di costruire il nosocomio dove un tempo sorgeva la Schola Saxonum, ancora proprietà del re Giovanni Senza Terra, che gliene fece dono. Intitolato a S. Maria in Sassia, il principio sulla quale si impostava l’opera assistenziale e caritatevole dell’ospedale, seguiva la Regola, enunciata nel Liber Regulae,  dell’Ordine Ospedaliero del Santo Spirito, fondato da Guido di Montpellier, primo maestro, secondo la quale “il malato è il padrone e il medico il suo servitore”, che ebbe un’ampia e rapida diffusione in Europa e fu adottata in molti ospedali. Purtroppo, all’epoca, era comune abbandonare i bambini appena nati. Vedendo questa triste realtà, Papa Innocenzo III decise di costruire un ospedale per accogliere i bambini abbandonati, i poveri, le donne sole, e offrire cure gratuite a chi ne aveva bisogno. Secondo la leggenda, un angelo apparve in sogno al papa e gli indicò il luogo dove costruire il nuovo ospedale: era il posto dove un tempo c’era la Schola Saxonum, che apparteneva al re Giovanni Senza Terra, il quale ne fece dono al papa. L’ospedale fu chiamato Santa Maria in Sassia. Tutta l’opera si basava su un principio molto importante dell’Ordine Ospedaliero del Santo Spirito, fondato da Guido di Montpellier. La regola dell’Ordine era questa: “Il malato è il padrone e il medico il suo servitore.” Questo principio era scritto nel Liber Regulae, un libro con tutte le regole dell’Ordine, e fu seguito in tanti ospedali in tutta Europa.

Nel primo quadro, che parla della vita di Francesco della  Rovere, si osserva Luchina, madre di Francesco, che in  procinto di partorire, ha la visione dei santi Francesco e Antonio che, porgendole il saio e il cordone francescano, le preannunciano il destino del nascituro. Seguono le raffigurazioni della nascita di Francesco, del battesimo e l’episodio in cui la madre fa il voto a san Francesco di vestire il figlio con il saio francescano, affinché interceda per la guarigione dal malore che lo ha colpito. Voto rinnovato ad un successivo svenimento del bambino. In fine, il giovane Francesco, caduto in mare dagli scogli di Savona viene salvato dai santi Francesco e Antonio (attribuzione Melozzo da Forlì). Sopra i quadri compaiono le figure di Isaia e di un altro profeta. Nel primo quadro della serie che racconta la vita di Francesco Della Rovere (futuro Papa Sisto IV), vediamo la madre Luchina, che sta per partorire. In quel momento ha una visione: i santi Francesco e Antonio le appaiono e le porgono il saio francescano (l’abito dei frati), annunciando che il suo bambino avrà un destino speciale. Subito dopo, vediamo la nascita di Francesco, il battesimo e un altro episodio importante: quando Francesco si ammala, sua madre prega san Francesco e gli promette di vestire il figlio con il saio se lo farà guarire. Quando il bambino sviene di nuovo in un secondo momento, la madre ripete la promessa. Infine, nell’ultimo quadro, il giovane Francesco cade in mare vicino agli scogli di Savona, ma viene salvato dai santi Francesco e Antonio. Questo episodio è attribuito al pittore Melozzo da Forlì. Sopra i quadri ci sono anche le figure del profeta Isaia e di un altro profeta.