En el gran portal que da acceso a la Biblioteca Lancisiana destaca la inscripción: BIBLIOTHECA. El escudo del papa Clemente XI Albani es parte integral del portal.

En el atrio y el vestíbulo de la Biblioteca Lancisiana se extiende la gran estantería de madera del siglo XVIII, coronada por carteles con los nombres de las disciplinas en letras doradas. Desde su fundación, la biblioteca ha conservado en estas librerías sus valiosos códices. En el centro de la sala, a los lados del gran arco de medio punto, vigilan los bustos de los pontífices de los que Giovanni Maria Lancisi fue médico pontificio: Clemente XI (Gian Francesco Albani) e Inocencio XI (Benedetto Odescalchi). Tallados en mármol por artistas de la escuela romana de la primera mitad del siglo XVIII, reflejan los cánones estilísticos de la escuela berniniana. La presencia de morteros y cerámicas farmacéuticas (siglos XVI-XIX) tiene principalmente el propósito de evidenciar la estrecha relación entre el estudio y la práctica farmacéutica.

El artista Gregorio Guglielmi estuvo activo en Roma hasta alrededor de 1751. Entre 1745 y 1748, pintó en la bóveda de la Biblioteca Lancisiana el fresco La Sabiduría expulsa la Ignorancia. Del mismo periodo data su ciclo de frescos en 32 escenas con Profetas, la Vida de Cristo y las Historias de los Apóstoles en el ala del Hospital de Santo Spirito in Sassia, encargado por Benedicto XIV. Este ciclo fue destruido en 1908.

Tommaso Mattei, discípulo de Carlo Fontana y Carlo Rainaldi, estuvo activo en Roma durante el periodo barroco. Arquitecto del Hospital de Santo Spirito a finales del siglo XVII y entre 1707 y 1717, se le atribuye la reestructuración de la Biblioteca Lancisiana, incluida la estantería de madera apoyada sobre una base de mármol. La estantería está compuesta por una serie continua de armaria en dos niveles, separados por una cornisa. Encima, una barandilla de hierro forjado recorre el nivel superior, al que se accede mediante una escalera de caracol.

Los globos de la Biblioteca Lancisiana, realizados por Vincenzo Maria Coronelli, fueron donados a Giovanni Maria Lancisi por el dux de Venecia, Francesco Morosini, con motivo de la inauguración de la biblioteca. Cada globo está sostenido por cuatro brazos de metal dorado que se extienden desde una base tallada para sujetar el horizonte/ecuador. El meridiano es de latón, al igual que el disco norte, que lleva grabadas las horas. El fraile franciscano Vincenzo Maria Coronelli fue un célebre cartógrafo y geógrafo veneciano. Incluso Luis XIV lo invitó a su corte. Comenzó su labor como constructor de globos terrestres y celestes en 1678 y también fue autor de más de 200 mapas. Para el Rey Sol, creó dos enormes globos, uno terrestre y otro celeste, de aproximadamente 5 metros de diámetro.

La esfera armilar formaba parte de la colección de instrumentos científicos con los que Lancisi había equipado la biblioteca. Realizada en el siglo XVI por Simone Barocci, de Urbino, servía para demostrar y estudiar los movimientos de la esfera celeste en relación con la Tierra, situada en el centro. Compuesta por una estructura de anillos metálicos graduados (armilas), la pieza reflejaba el estado del conocimiento astronómico a mediados del siglo XVI, aún basado en el modelo geocéntrico del universo.

La estantería XXVI de la Biblioteca Lancisiana oculta una ventana secreta con vista a las Salas Sistinas. Mandada construir en el siglo XVII por el Comendador Giovanni Battista Spinola, permitía observar discretamente el trabajo del personal sanitario encargado del cuidado de los enfermos, asegurando que cumpliera con las Regulae, el reglamento oficial de la administración.

La gran cartela de madera que corona las estanterías L y LI fue encargada por el Comendador Sinibaldo Doria para conmemorar la ceremonia de inauguración de la Biblioteca y los privilegios otorgados, entre ellos el derecho a conservar libros prohibidos. También contiene la excomunión contra quienes extraían libros ilegalmente

El Liber Fraternitatis es un códice manuscrito fechado en 1446, compuesto por aproximadamente 500 hojas de pergamino cosidas. En él se conservan las dos bulas papales de Eugenio IV y Sixto IV, emitidas para la renovación de la Orden Hospitalaria del Santo Espíritu y su cofradía anexa, así como autógrafos tanto de humildes devotos como de destacadas figuras del ámbito social y político. Los cofrades estaban obligados a prestar servicio al menos una vez al año en el hospital, buscar a los pobres y necesitados en las calles y hogares, encargarse de los entierros y recoger limosnas en beneficio de la institución. Con el tiempo, se añadieron las firmas de destacadas personalidades y monarcas de Italia y Europa. El códice también incluye la firma del papa San Juan Pablo II. Este valioso manuscrito presenta dos incipit iluminados al inicio de las bulas de refundación del hospital: la emitida por Eugenio IV en 1446 y la de Sixto IV en 1478, ambas seguidas por la firma del papa y de los cardenales.

El Códice de Avicena es un manuscrito en pergamino del siglo XIII que conserva la traducción latina de la obra más célebre del ilustre médico Avicena: El Canon de Medicina. En el Canon, Avicena registró sus estudios teóricos sobre la experimentación clínica, de la cual fue pionero. La obra se organiza en cinco libros principales, magníficamente decorados con incipit iluminados.